Die im Boden lebende Gemeinschaft (In- oder Endofauna) wird typischerweise mit einem Backengreifer (Typ van-Veen) untersucht. Das Gerät ermöglicht die Entnahme quantitativer Proben mit einer standardisierten Fläche von rund 0,1m². Dies ermöglicht eine Auswertung hinsichtlich des Artenspektrums und der Verteilung von Abundanz und Biomasse. Diese Parameter bilden dann maßgeblich die Basis für eine spätere Zustandsbewertung.

Arten, die auf dem Boden leben (Epifauna) sind häufig größer und seltener und sind oft zur schnellen Flucht befähigt. Um diese Arten zu erfassen, kommt daher eine Dredge zum Einsatz, die eine deutlich größere Fläche als der Backengreifer aufnimmt. Da die untersuchte Fläche aber meistens nicht genau bekannt ist, erfolgt die Auswertung rein qualitativ, d.h. die Proben ergänzen lediglich das Artenspektrum an der Station. Mit der Dredge kann so auch die festsitzende Gemeinschaft (Makroalgen, Miesmuscheln, Schwämme,…) der Hartböden erfasst werden. Da die Methode jedoch invasiv ist, d.h. den untersuchten Lebensraum schädigt, kommen ergänzend oder alternativ zunehmend optische Verfahren zum Einsatz.

Hierzu gehören beispielsweise Schleppkameras, die vom Schiff aus entlang festgelegter Transsekte knapp oberhalb des Meeresbodens entlang gezogen werden. So können Eindrücke von den Strukturen des Lebensraumes und dem Vorkommen großer Arten gewonnen werden. Das identifizierbare Artenspektrum ist allerdings deutlich geringer als in den Dredgefängen.

Forschungstauchereinsätze sind für das Monitoring von Riffen in der deutschen AWZ der Nordsee zeitlich zu aufwendig und zu kostenintensiv, da dem Taucher in den hier üblichen Tiefen nur sehr wenig Zeit für die Untersuchungen bleibt und so nur sehr wenige Stellen pro Tag aufgenommen werden können. Die vollständige Aufnahme der Hartbodengemeinschaft stellt folglich noch ein methodisches Problem dar. Die Entwicklung entsprechender Methoden zur Erfassung der Hartbodengemeinschaften in den küstenfernen, tiefen Meeresbereichen ist daher Bestandteil eines aktuell vom Bundesamt für Naturschutz ( BfN ) finanzierten Forschungsvorhabens.