Die im Boden lebende Gemeinschaft (In- oder Endofauna) wird typischerweise mit einem Backengreifer (Typ van-Veen) untersucht. Das Gerät ermöglicht die Entnahme quantitativer Proben mit einer standardisierten Fläche von rund 0,1m². Dies ermöglicht eine Auswertung hinsichtlich des Artenspektrums und der Verteilung von Abundanz und Biomasse. Diese Parameter bilden dann maßgeblich die Basis für eine spätere Zustandsbewertung.

Arten, die auf dem Boden leben (Epifauna) sind häufig größer und seltener und sind oft zur schnellen Flucht befähigt. Um diese Arten zu erfassen, kommt daher eine Dredge zum Einsatz, die eine deutlich größere Fläche als der Backengreifer aufnimmt. Da die untersuchte Fläche aber meistens nicht genau bekannt ist, erfolgt die Auswertung semiqualitativ, d.h. die Proben ergänzen vorwiegend das Artenspektrum an der Station und geben nur einen groben Hinweis auf die Häufigkeit der Arten (Häufigkeitsklassen). Da die Methode jedoch invasiv ist, d.h. den untersuchten Lebensraum schädigt, kommen ergänzend oder alternativ zunehmend optische Verfahren zum Einsatz.

Hierzu gehören beispielsweise Schleppkameras, die vom Schiff aus entlang festgelegter Transsekte knapp oberhalb des Meeresbodens entlang gezogen werden. So können Eindrücke von den Strukturen des Lebensraumes und dem Vorkommen großer Arten gewonnen werden. Das identifizierbare Artenspektrum ist allerdings deutlich geringer als in den Dredgefängen.